实验教学中心管理严格依据教育部《实验教学示范中心管理办法》、国家教育委员会《关于加强高等学校实验室工作的意见》以及上海市教委、上海海事大学等有关文件的各项规定。
中心坚持“以学生为主体、科学规划、资源整合、开放共享、高效管理”原则，对中心建设进行科学规划，对实验教学资源和相关教育资源进行整合，建立面向多学科、多专业的实验教学中心。理顺实验教学中心管理体制，实行中心主任负责制。建设安全的实验环境，建立健全评价与保障机制，完善并落实实验教学质量保障体系。创新对外交流与合作模式，不断拓宽开放共享范围及覆盖面，营造有利于实践育人的良好条件。
（1）中心实行“学校-学院”二级管理体制。学校实验室管理处对中心进行直接领导，负责制定中心建设的各项政策和总体建设规划，提供教学改革与建设项目的经费，提供实验室用房和环境改善等所需经费。信息工程学院负责教学改革与建设项目的规划、组织，负责中心队伍建设的规划和实验人员的配备、中心的运行维护及对外交流。
（2）中心实行主任负责制，中心主任由信息工程学院院长担任，负责中心的全面工作。中心主任提名4名中心副主任来负责中心的日常管理，协助中心主任负责日常实验教学的实施、中心的管理、人员的聘任、协调、交流和合作等工作；中心下设各实验室负责人若干名，负责具体的实验室建设、管理与维护工作。
（3）中心成立了实验教学指导委员会，由7位校内外专家组成，成员中有来自航运、通信、AI、大数据领域知名企业的企业专家3名、院外专家2名、院内专家2名。实验教学指导委员会每年至少召开1次会议，负责审议中心的人才培养目标、实验教学体系、重大教学改革项目、重大对外开放交流活动、年度报告、对实验室运行情况进行评估，新实验室建设和实验教学成果申报等事项。
（4）为全面提高实验教学质量，加强实验教学质量监控，确保实验教学工作正常运行和教学改革深入进行，中心成立了由院内外教授、专业主任及骨干教师为代表的实验教学督导委员会，就中心实验教学活动的相关方面开展检查监督、实验教学评价、指导帮助、咨询服务、反馈信息等工作。
（5）中心多举措完善并落实实验教学质量保障体系。根据《上海海事大学本科实验教学规范》等文件的要求，中心要求实验教师认真备课、作好实验前的准备工作，做到实验前的仪器设备完好率达100%，环境卫生符合要求；平时要定期检查、维护好实验室仪器设备、管理好材料和物资；中心每学期都会进行期中实验教学质量大检查，通过实验室自查、互查，督导随班听课、查阅实验报告、召开学生座谈会等，并及时总结经验，发现与解决问题；设立学生反馈机制及处理流程，学生可通过网上实验课程评价、座谈会、邮件等多种模式进行实验教学的评价，保证实验教学质量不断提高。
（6）中心严格执行《高等学校仪器设备管理办法》和《上海海事大学采购管理办法》、《上海海事大学实验室仪器设备维护维修管理办法》等有关管理规章制度，仪器设备管理责任明确，落实到位，保证了每学期各个仪器设备基本完好，使用状态良好。实验技术人员按要求进行仪器设备的采购、维护维修、固定资产的管理，保障实验室清洁卫生及安全运行，保证实验室资源共享。实验中要求学生正确使用仪器设备，人为损坏仪器设备按照校《固定资产损坏遗失赔偿实施细则》进行赔偿。
（7）中心设有安全工作领导小组，不断完善健全《安全管理制度》、《安全事故应急预案》等安全管理规章制度，多年来保持安全零事故。中心注重强化实验室安全责任意识，学院与中心、中心与实验室、实验室与每一次使用实验室的教师之间签订“安全责任书”，通过安全教育、定期紧急疏散演练等措施确保实验学生、实验教学人员和国家财产的安全。
（8）中心坚持实验室开放共享，在教学管理上，通过网上预约系统给学生提供了独立活动的空间，鼓励学生在课外时间利用实验室的仪器设备，进行学习、创新创业、竞赛等活动。在保障教学的前提下，中心教学仪器设备向全体教师开放，并根据科研项目进展和学科建设需要，设立流动性研究小组和课题组，将专职教师和实验技术人员紧密结合在一起，共享实验场地和实验仪器，充分提高实验资源的利用率。中心通过合理的时间安排，承办了多次全国大学生竞赛、全国40名高校教师DCNE双师型教师培训，吸引了澳大利亚维多利亚大学等多所国内外科研院所参观、考察、合作交流，采取多种方式拓宽了中心的开放范围及覆盖面。通过推行实验室开放、加大校企合作力度，使学生在校期间通过实习和实践尽早了解企事业单位的实际运作和需求，提高学生融入社会、学以致用的能力；
（9）在运行经费方面，学校对中心提供了必要的人力、财力、物力支持，保障中心的更新建设和良性运转。每年下拨实验设备费和运行费，用于实验室环境改造及设备维修和实验室易耗材料的购置。同时科研项目部分经费也用于实验教学平台建设、实验设备的添置更新，多渠道保证中心运行经费有保障。